Il 19 giugno 2006 è stata costituita l'associazione denominata “Don Andrea Santoro onlus”. Essa nasce, in sintonia con la diocesi di Roma, il vicariato apostolico dell'Anatolia e l'associazione Finestra per il Medio Oriente, con l'intento di prendersi cura di una serie di esigenze ed iniziative sorte in seguito al “5 febbraio” e offrire un contributo alla “presenza” che don Andrea aveva iniziato nella chiesa di Turchia.

Si legge nello Statuto:
“L'associazione si ispira alla figura di Don Andrea Santoro, ucciso il 5 febbraio 2006 nella Chiesa di Santa Ma ria a Trabzon, già sacerdote “fidei donum” della Diocesi di Roma nella terra di Turchia, presenza, seme, piccola luce in quella terra per promuovere il dialogo interreligioso e interculturale tra Oriente e Occidente,  “ponte” e “finestra” tra le religioni ebraica, cristiana e musulmana… Ha come finalità favorire il rispetto dei diritti umani e civili... e curare l'istruzione, l'educazione e la formazione al dialogo interreligioso e interculturale alla luce della figura di don Andrea”. Per realizzare tali finalità l'Associazione vuole in primo luogo approfondire la figura di don Andrea (spiritualità, pensieri, intuizioni) e svolgere attività culturali ed educative, che don Andrea già svolgeva, sia in Italia che all'estero. Nella memoria dei Martiri Missionari, aderiamo all'Associazione, quale impegno di comunione con le finalità sognate da don Andrea, che sono poi la speranza del Mondo e della Chiesa. Con l’augurio che il piccolo seme gettato, porti frutto nella logica evangelica del nascondimento e delle “piccole cose”, che fanno fiorire i "fiori tra le rocce", cioé la speranza nei cuori.